Peter blir också förälskad för första gången, i skolkamraten Gwen Stacy, och tillsammans kämpar de med kärleken, förpliktelser och hemligheter. När Peter upptäcker en mystisk väska som har tillhört hans pappa, så påbörjas ett sökande efter att förstå sig på hans pappas försvinnande och det leder honom till ett laboratorium på Oscorp och Dr. Curt Connor, hans pappas forna kompanjon. När Spider-Man kolliderar med Connors alter ego, The Lizard, måste Peter göra livsavgörande val och använda sina krafter för att skapa sitt eget öde och bli en hjälte.